职业化20年来，“阴阳合同”引发的案件不断。其中，2005年申思与上海国际的纠纷案最为经典：阳合同上的月薪是12000元；阴合同上，申思年薪是250万元，二者相差17倍。
2006年11月，“张勇(微博)诉联城俱乐部欠薪10万元”案件，经法庭调解达成合解。原被告双方律师当时都谈到，张勇与联城间发生劳资纠纷的主要原因，就是他与俱乐部签署的是“阴阳合同”。从1997年至2006年，因“阴阳合同”发生的纠纷或官司，多达35起。
期间，中国足协四次修订职业球员工作合同文本，为避免出现问题，要求各俱乐部必须按统一的制式合同签订协议。足协规定：在界定球员是否为“自由人”时，必须以在足协备案的合同为准。除在两次备案期间签订的协议外，其余任何没有备案的补充协议等，中国足协一概不予以承认。
2013年初，于涛(微博)的“阴阳合同”案件传遍中国足坛。对于这个案件，足协对仲裁委员会的批示是：严格按照规章制度办事。最终，仲裁委员会根据于涛在足协的备案合同，判定他为“自由人”。此后，足协高层多次要求注册转会部门，严格执行“备案合同”为准的要求，不给俱乐部开“阴合同合法”的口子。
不过，足协作为行业管理部门，对合同要求只能做到以下四点：1、劳资双方必须签订契约，并遵守备案的合同约定；2、备案的合同中必须保障好球员的个人权益；3、备案合同作为球员履约是否到期的唯一依据；4、只有接到正式且有效的备案合同，才能给球员发放参赛证。
至于其他方面的问题，因为中国足协不具备行政执法权，难以进行更大作为。
