第二次世界大战结束后，阿森纳继续征战英国赛场——教练依旧是乔治·阿利森，队伍里还有一部分之前的球员。对俱乐部来说，那个神奇的20世纪30年代已经一去不复返了，而克里夫·巴斯廷和特德·德拉克退役带来的损失对阿森纳来说似乎还难以承受。
事实上，1946/1947赛季阿森纳一直徘徊在降级区，最终仅获得了第13名的成绩。
在那个赛季结束后，已经60多岁的阿利森决定退休，辞去了帅位。他的助手汤姆·惠特克接过了球队的教鞭，这一变动也给俱乐部带来了立竿见影的效果。
1947/1948赛季，阿森纳以7分优势力压曼联(微博 数据) 夺得联赛冠军。两年后，雷格·刘易斯的梅开二度帮助阿森纳战胜利物浦(微博 数据) 问鼎足总杯。然而，荣耀不只属于刘易斯。
在此之前，乔·梅瑟的加盟是阿利森给俱乐部的又一重大贡献，这位脚法细腻的左中场用实际行动印证了这笔激动人心的签约。梅瑟代表阿森纳出场近250次，1953年4月10日阿森纳迎战利物浦的比赛，他在与队友乔·韦德的一次冲撞中受伤并最终导致骨折，从此告别了赛场。
不管怎么说，1950年与那支安菲尔德球队的足总杯决赛可能算是梅瑟献给阿森纳最美好的的时刻了。转会到阿森纳后，梅瑟并没有搬到伦敦，相反他还在瓦勒塞经营者自己的杂货店。比赛的时候他就往返于两地，平时就和利物浦球员一起训练。足总杯赛前，利物浦不允许他再过来参训。
梅瑟引领着阿森纳成为20世纪50年代初一支重要的足坛力量。 1951/1952赛季阿森纳曾一度看到夺取双冠王的曙光，不过球队最终两手空空的结束了那个赛季。
联赛中，4分的劣势让他们只能眼睁睁看着曼联夺冠；足总杯决赛，乔治·罗贝尔多的进球使得阿森纳无法阻止纽卡斯尔的卫冕——如果瓦利·巴内斯不那么早受伤的话，结果或许就不一样了。在那个还不允许换人的年代，这名后卫在比赛的大部分时间内只能作壁上观。
惠特克的球队在接下来的一年又重新摘得了联赛桂冠，这是历史上夺冠优势最微弱的一个赛季。阿森纳和普雷斯顿以相同的战绩（21胜12平9负）结束了全季比赛，但伦敦球队还是以0.099的得失分率优势获得了冠军。
这是阿森纳未来17年的最后一座联赛冠军，也是接下来那段惨淡日子的开端。球队开始衰落，惠特克似乎也不能为球队带来知名球员。1956年惠特克逝世后，俱乐部试着选择前阿森纳队员担任主教练。杰克·克雷斯顿和乔治·斯文丁先后上任，但是他们都未能拾回俱乐部从前的辉煌。事实上，整个17年内球队最好的成绩是斯文丁带队的第一个赛季取得的——阿森纳获得了那个赛季的季军。
俱乐部随后更改了策略。1962年，“非枪手”的比利·赖特被任命为球队主帅。这位前狼队和前英格兰国家队的优秀队长，儿时曾经是阿森纳的球迷。不过赖特缺乏管理球队的经验，尽管他签下了鲍勃·威尔森、弗兰克·麦克林托克以及乔·巴克尔，但阿森纳仍然只是一支平庸的球队。1966年，俱乐部的青年队获得了青年足总杯的冠军，双冠王的种子已经被播种下了。
1966年，胜利之师的缔造者——伯尔蒂-米从赖特手中接过了教鞭。这位原俱乐部的医疗师上任之初就着手引进帕特·莱斯、约翰·拉德福德、雷·肯尼迪以及查理·乔治。他的球队于1968年和1969年连续杀进联赛杯决赛，可惜最终都与冠军失之交臂。然而更大的荣耀还在后头。
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