南勇案有两个争议点，首先是身份界定，南勇不是利用足管中心副主任的职务便利，而是利用中国足协副主席的职务便利。南勇担任中国足协副主席的职务，虽然有国家体育总局的委派，但是没有国家体育总局的授权。被告人南勇并不代表国家体育总局，其权力并非来源于国家体育总局的授权，而是来源于中国足协的授权，来源于中国足协章程的规定，是代表中国足协行使权力，对中国足球协会代表大会负责和报告工作，不是对国家体育总局负责和报告工作，不是代表国家行使权力，不是从事公务。
南勇于2010年1月13日由公安部指定辽宁省公安厅涉嫌以国家工作人员受贿罪立案调查，中国足协另一位工作人员张建强被铁岭市人民检察院以涉嫌非国家工作人员受贿罪和受贿罪两个罪名提起公诉，这说明公安机关、检察机关对于南勇、张建强的主体身份曾经存有争议，有争议说明存在认定为非国家工作人员的可能性和内在规定性，这种内在规定性就是被告人南勇出任中国足协副主席的职务，国家体育总局有委派，但没授权，被告人南勇不是代表国家体育总局行使权力，而是代表中国足球协会行使权力，应认定为非国家工作人员。
我国打击犯罪在特定时期对特定犯罪有从重、加重处罚的政策，但我国刑法适用的基本原则是从轻原则，如从旧兼从轻原则，疑罪从无原则等，对于被告人南勇的主体身份是国家工作人员还是非国家工作人员有争议的情况下，应当适用从轻原则，认定为非国家工作人员。
另外，南勇是原足管中心主任、党委书记，原中国足球协会副主席。同时还在亚足联、国际足联担任职务，是一位在亚州足球界和国际足球界有一定影响的人。由于南勇等具有的双重身份，其受贿行为的定罪量刑将对中国足球协会与亚足联、国际足联的法律关系产生影响。如果人民法院以南勇等作为国家公职人员的身份定罪量刑，这无异于以司法判决的方式确认和宣告被告人南勇等以其政府官员的身份在控制管理中国足协和足球事务，足管中心作为政府的直属机构直接插手、干预、管理足协事务，证实了中国足协失去独立性的事实，证实中国足协违反了亚足联和国际足联的章程，人民法院的判决书就可能成为亚足联和国际足联处罚中国足协的证据，并且，在英美法系，判例即是法例，有引申为法律的理解，这种国际负面影响将是深远的、长期的，被告人南勇等身份认定何去何从，值得斟酌。
其次，南勇收受他人财物的事实，虽然有请托事项，但没有具体的请托事项，请托人提出的请托事项都是笼统、概括、宽泛的关照、支持、帮助、照顾，而没有具体、特定、客观的事由，严格按照刑法和司法解释的规定，不应当认定为犯罪。在本案中，虽然行贿人向被告人南勇提出了关照、支持、帮助、照顾的请托事项，南勇也都答应了、承诺了。可是，请托人提出了什么关照？请求什么支持帮助？是什么具体事由？在什么时间什么地点提供了什么帮助？都没有查证属实。起诉书第二项云南红塔足球俱乐部王立仁1999年9月23日送5万元；第三项山东鲁能(微博)泰山足球俱乐部邵克难1999年底送10万元、2000年上半年送10万元；第四项沈阳华晨金客足球俱乐部章健2000年3月送10万元、2000年底送10万元，都提出请托南勇、张建强为其俱乐部球队比赛安排有利于他们的裁判，安排他们熟悉的裁判，可是分派了哪位有利于他们的裁判，安排了哪位他们熟悉的裁判，没有调查取证。王立仁、邵克难、章健与哪些裁判熟悉？南勇、张建强在哪场具体的比赛安排了哪位他们熟悉的裁判，都没有查证属实，通观十七本卷宗，最关键的证人——裁判的证词却是一份也没有，没有裁判的证词。当办案人员一问到行贿人，南勇对其有什么具体的关照、支持、帮助和照顾，行贿人就是记不清楚了，被告人南勇的供述也都是具体怎么关照的，记不清楚了。受贿人的供述和行贿人的证词都是“记不清楚了”，供证一致，恰恰证明事实不清、证据不足，没有证据加以证明，就不能认定南勇通过安排他们熟悉的裁判的方式为其谋取利益。
南勇在收受他人财物时，对于事前没有提出具体请托事项，不是明知他人有具体请托事项，日后也没有提出具体的请托事项，也没有为他人谋取利益，就不能适用《全国法院审理经济犯罪案件工作座谈会纪要》的规定来定罪量刑。受贿罪的本质特征是“权钱交易”。这一特征决定“具体请托事项”与“给予财物”之间应当具有对应性、对价性、关联性。只有存在他人“提出具体的请托事项”和行为人明知有“具体的请托事项”，才有“交易”的前提和必要。这就决定了认定受贿罪是否成立，必须将是否存在具体请托事项查证属实，只有对每一项具体的请托事项查证属实，才能对被告人南勇依法定罪处罚。
在南勇案中，大部分都是无具体请托事项，只有很少一部分是有具体请托事项，金额差距是比较大的。我敢说，如果无具体请托事项这种人情往来，都算作受贿的话，那么大部分的干部，可能都要逃不了干系了。这是我国法律的不健全。
