第1轮 陕西1比1大连
第82分钟，赵旭日开出角球，桑托斯抢在孙寿博之前将球顶进，当值主裁胡鹏春判罚冲撞门将在先。事后足协裁委会评议，进球应属有效。
第3轮 上海2比1杭州
第85分钟，董学升的射门打在明显越位的陈永强腿上弹回，里亚斯科斯跟进打进制胜球。边裁郑炜祥并未举旗，事后他亲自向绿城主帅吴金贵发去致歉短信，当值主裁赵亮也停哨两场。
第4轮 重庆2比0长沙
第84分钟，金德外援阿卡尼禁区内准备射门，被力帆后卫踢倒，足协技术部主任李飞宇证实主裁判张雷（沈）漏判了点球。
第5轮 陕西3比2深圳
第15分钟，曲波突入禁区与侯赛因相撞后摔倒，主裁孙葆洁判罚点球。此后足协裁委会研究认为，这属于双方正常拼抢，点球属误判。但孙葆洁本人坚持判罚正确，随后他缺席了第7至9轮的抽签。
第5轮 山东2比0辽宁
第18分钟，辽足杨宇在禁区内故意手球，主裁马力漏判点球和黄牌。第41分钟，邓卓翔接韩鹏的传中头球冲顶破门，此球无任何问题，第一助理裁判范强却举旗示意无效。
第7轮 上海2比2辽宁
第84分钟，冯仁亮带球突破在禁区内被辽足后卫放倒，主裁徐航判罚点球。但此前冯仁亮停球时有手球嫌疑，因此辽宁强烈抗议，比赛一度中断，事后辽足被罚款10万元。
第10轮 北京0比2杭州
第82分钟，王长庆禁区前停球太远，汪嵩上前卡位时与王长庆发生碰撞，后者摔倒在地，主裁判张正平判罚点球，绿城球员和教练集体抗议。足协原本安排张正平吹罚接下来的京津大战，但国安申诉，最终这场津京焦点战改为赵亮主哨。被京杭两队抗议的张正平也被足协内部处以停哨三场、下放中甲三场的处罚。
第16轮 上海2比1长沙
第53分钟，申花队里亚斯科斯头球攻门被张磊扑出，跟上欲补射的维森特与金德后卫许博拼抢时倒地，当值主裁莫伟聪判罚点球。这是个明显误判，因为在维森特与许博拼抢倒地时，球已经被扑出底线。
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