深圳市轨道交通规划示意图
一期工程毕竟只有21.866千米长和有19个车站，覆盖范围有限。因此，深圳市的轨道网络仍会继续扩展。
二期工程的线路包括罗宝线续建段、蛇口线、龙岗线首期及西延段、龙华线二期以及环中线，所有线路均正进行施工。二期工程于2011年6月底全部完工。
深圳市规划局在2007年7月组织编制了《深圳市轨道交通规划》，同时与深圳市发改局共同组织编制了《深圳市城市轨道交通建设规划（2011~2020）》。规划提出了深圳市轨道交通的近期建设方案及远期线网方案。在地铁部分，近期方案的重点是在一、二期工程基础上，提出2011年至2020年间的建设方案，其中包括龙华线的北延段（三期），以及8条新建的地铁线路：6－12号线，总长约245.4千米。远期方案规划了至2030年的16条地铁线路，总长585.3千米，设站357座。其中组团快线4条、干线6条、局域线6条。
未来规划线路
根据正在编制的深圳市轨道建设规划(2011—2020年)，初步确定地铁三期工程包括4号线延长段、6—12号线。目前相关线路的详细规划尚未完成，具体走线及站位尚未确定。
深圳地铁2015年规划线路
龙华线线北延段 龙华线连接皇岗口岸、福田中心区、龙华新城及观澜等片区。北延段由二期工程终点清湖站至松元。
光明线 从深圳机场引出，连接福永、沙井、松岗、公明、光明、石岩、龙华，并连接1号线、4 号线和11号线，采用城市铁路制式，为联系核心城区与中部综合组团、西部高新组团的城市组团快线，预计2011年开工，2014年通车。全线长约51.8公里，投资约93.1亿元。（在光明站接莞深城际铁路）
西丽线 连接布心、田贝、笋岗、华强北、福田南、车公庙、龙珠、西丽等片区。线路由太安至西丽动物园。动物园 － 西丽水库 － 西丽 － 珠光 － 龙井 － 桃源村 － 深云村 － 安托山 － 竹子林 － 车公庙南 － 上沙 － 新洲 － 石厦 － 福民 － 皇岗口岸 － 赤尾 － 华强路 － 华新 － 体育馆西 － 八卦岭 － 宝安北路 － 田贝 － 太安 － 东湖 盐田线 连接国贸、莲塘、沙头角、盐田组团，并连接1号线和11号线，采用普通轻轨制式，提供中心城区与盐田区组团之间的快捷交通服务，预计2012年开工，2016年开通。全线长约19.2公里，投资约47.2亿元。
内环线 联系罗湖、红岭、八卦岭、梅林、景田、车公庙等片区。线路由罗湖火车站至上沙，是联系特区内主要居住区与就业区的局域线，预计2010年10月开工，2014年通车。 宝安线 连接南山蛇口、南油、新安、西乡、固戍、福永、沙井、松岗等地区。线路由海上世界至松岗，是西部滨海地区的又一条轨道干线，预计2013年开工，2016年通车。
机场线 起于市中心区的广深港客运专线福田中心站，经前海湾、机场、沙井到达松岗站（远期接穗莞深城际铁路），是城市核心区与西部滨海地区的组团快线，同时兼有机场快线的功能，预计2011年9月12日开工，2014年通车。 坪山线 连接龙岗次中心区、大工业区及坑梓卫星新城，与3号线一起形成东部发展轴上的快速轨道交通走廊，采用城市铁路制式 ，是龙岗区内各片区间联系的局域线，预计2013年开工，2016年通车。全线长约16.6公里，投资约29.2亿元。
深圳地铁2020年规划线路
宝盐线：从东南部的盐田到西北部的沙井、海上田园。东部快线；从市中心区的广深港客运专线福田中心站到东北部的坑梓(远期接惠深城际铁路)石岩线：从西部的深圳西站到北部接地铁6号田心站。坪山线：从南部市中心区益田站到北部龙岗区接12号线回草埔站。
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