1987年全运会之后，因为国家政策调整，非奥项目没能列入全运会，中国摩托艇项目也不能幸免。之后逐步萎缩，仅保留了湖北、江西、上海、安徽、山东、福建、湖南等几支队伍，江西队是当时编制保留最全的省队。这样的低迷期一直贯穿了整个20世纪九十年代之后的20年时间。就是这样的衰退期，同样发生了许多震撼世人的事件，中国摩托艇运动这棵百折不挠的劲草，在逆境中备受考验。
F1摩托艇之路的开路人
早在1994年，水上中心席有余处长及青岛航校李瑞林即在如何将中国摩托艇带入F1世界摩托艇的圣殿，开辟了一个新的思考课题，在他们积极运作推动下，1995年，以私营企业出资，协会派遣的方式下，彭林武启程欧洲，这次长达两年的考证之旅意义深远，作为中国进入F1摩托艇运动的一个火种，彭林武目前仍是世界华人唯一F1摩托艇驾驶证持有者。
20年磨一剑，世界冠军
2001年，彭林武参加了芬兰世界锦标赛0-125级比赛。周六周日两天的比赛，彭林武一行于周四抵达芬兰，周五到了赛场，直到下午近黄昏时，租用的赛艇才抵达赛场，周六一早组委会通知只给每个参赛队半小时的下水调试时间。芬兰的赛场是个有流速的河道，由于比赛经费有限，中国队的所有器材设备都是租用，如果赛前的下水调试不成功将对比赛造成严重影响。当中国队开始调试彭林武的赛艇时，赛艇竟然发动不起来，经过几次调试发动机仍纹丝不动，离调试时间结束仅余8分钟时，李校长亲自进入调试区对彭林武的赛艇进行了调试，这一次终于启动了赛艇。之后的比赛，彭林武一路过关斩将，拿到了中国在世界锦标赛的第一个冠军。
彭林武自1980年参加摩托艇运动到2001年取得世界冠军，这20年 的路程是中国摩托艇运动发展曲折路程的真实写照。
世界冠军更上一层楼
2004年，彭林武作为教练带队再战济南的世界锦标赛。赛前水上中心为中国队购买了4艘0-125级比赛艇，赛前一个月集训期，中国队刚开始试水机器时，出现三艘艇一进水启动就全瘫的现象，并一时找不到原因，为此选调有关省市的机械师集体攻关，最后通过冷却水道，上火时间延迟，压缩比减小等方式，终于攻克难关。
济南世界锦标赛上，史海文发挥稳定，4场比赛的前两场就早早确立了冠军的地位，这是中国在世界锦标赛的第二次问鼎，也是自此之后惟一的一次问鼎。
IAC进入中国对中国摩托艇运动的间接推动
从1995-1997年连续三年F1摩托艇世界锦标赛在中国都有临时分站赛，F1摩托艇世界锦标赛的比赛逐步吸引了国家体育总局水上中心的关注，时隔6年后的2004年，F1摩托艇世界锦标赛再次进入中国，这一次也是临时分站的设置，所不同的是，这一次出现在中国国力日渐增强时期，国民的收入水平有了质的飞跃，各地方政府及老百姓较为关注参与到该项赛事，这为中国摩托艇运动的发展间接起到很好的宣传作用。水上中心已经逐步在酝酿中国摩托艇的发展改制问题。
自2007年起，F1摩托艇世界锦标赛正式在中国设置分站赛，每年举行两站比赛，与此同时，柳州在2009、2010年引入了世界水上摩托艇锦标赛及世界滑水等项目，结合F1摩托艇比赛，整合了IAC综合项目的运营，中国摩托艇协会与国际摩联进入了一个更全面的合作期。
各方面机遇孕育着中国摩托艇运动的发展
市场的发展，中国国力的发展，老百姓生活品质的逐步提升等等因素都在让如何发展中国摩托艇运动成了不可回避的焦点，2006年，水上中心就针对摩托艇运动发展的格局进行了正式探讨；2007年，水上中心酝酿着F4项目的启动；2008年北京奥运会的成功举办，国家重视体育项目，全民健身的战略实施等等机遇的到来；2009年，IAC项目持续性的市场推动，2010年，关于举办中国摩托艇联赛的预案终于提上了议事日程，经过一年的筹备，2011年，6月11-12日，中国摩托艇联赛正式诞生于百里柳江之上。
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